Neuf tableaux à l'huile sont suspendus aux murs de l'église. Ils sont tous antérieurs à 1840. Les cinq plus grands ont été restaurés en 1994.
					La Visitaton, qui surmonte le maître-autel, est signé Noël-Nicolas Coypel (1690-1734), peintre français dont le Louvre et plusieurs importants musées d'Europe conservent des œuvres. L'arrivée de ce tableau à Champlain entre 1714-1716 pourrait être la cause du changement de vocable de la paroisse, érigée à l'origine sous l'appellation de "La Présentation de Marie ". L'encadrement de bois sculpté et peint est d'époque.
		L'Immaculée-Conception est attribuée au frère Luc, récollet (Claude François 1614-1685), peintre français nommé " peintre du Roi ". Il a assisté Nicolas Poussin pour la décoration de certaines salles du palais du Louvre à Paris. Acquise avant 1687, cette œuvre ornait la première église et a plus de 300 ans; c'est un don du premier curé en titre de Champlain, Messire François Dupré.
				La mort de saint Joseph a été réalisé par William Von Moll Berczy (1744-1813) considéré comme le meilleur peintre canadien de son époque. Livré en 1810 à la demande du curé Pierre Vézina, ce tableau ornait la troisième église, construite en 1807-1808. Il a été exposé en 1991 et 1992 à Ottawa, Québec et Calgary. Son encadrement est l'œuvre du sculpteur trifluvien François Normand (1779-1854) et a été commandé en 1813.
	L'Ex-voto à sainte Geneviève, à droite de la porte centrale, est un tableau de reconnaissance qui rappelle un fait miraculeux. " Ex-voto suscepta " signifie " suivant le vœu fait ". On y voit une procession se dirigeant vers une église qui pourrait être la deuxième église de Champlain, bâtie vers 1700. L'histoire de ce tableau est inconnue. Sainte Geneviève, fêtée le 3 janvier, était invoquée pour contrer les épidémies, la sécheresse etc., et pour garantir la prospérité toute l'année. Ce tableau est une œuvre canadienne du XVIIIe siècle. Son encadrement est entièrement de bois sculpté.
				Sainte Geneviève, à gauche de la porte centrale, est un deuxième tableau représentant la patronne de Paris. Celui-ci est un tableau de dévotion. D'importation européenne, il a été peint avant 1750. L'encadrement mouluré est de style Louis XIII.
	L'Éducation de Marie ou sainte Anne et Marie, est une copie ancienne légèrement simplifiée d'une œuvre de Pierre-Paul Rubens (1577-1640), conservée au Musée d'Anvers. Cette peinture est probablement une œuvre québécoise du XVIIIe siècle.
				Le Christ en croix, caractérisé par les bras rapprochés du supplicié, est d'influence janséniste; il daterait lui aussi du XVIIIe siècle.
				L'Intérieur de la Vierge est représenté par deux huiles sur toile qui se ressemblent beaucoup. Le modelé du visage et le maniérisme des mains permettent d'y voir des œuvres importées d'Europe et réalisées au XVIIIe siècle. Les encadrements moulurés sont de style Louis XIII.