La troisième église de Champlain, construite de 1806 à 1808, était en pierres et mesurait 90 pieds par 36 avec deux chapelles saillantes de 12 par 12 pieds et une sacristie de 18 par 15 pieds. Les murs de l'église avaient 18 pieds de haut. En 1859, la sacristie fut allongée aux dimensions de 40 par 30 pieds. Les murs de la sacristie ont alors 15,5 pieds de haut.

En 1808 il y avait 60 bancs, en 1840 on augmente le nombre à 78, plus 26 grands bancs ou sièges mobiles. En 1875 il y avait 143 bancs, plus 18 grands bancs, celui du seigneur, le banc d'oeuvre et celui des constables. On retrouvait 36 bancs dans la nef et 20 au jubé.

Le clocher était surmonté de la vieille croix de l'église précédente, avec un coq neuf.

Le tableau représentant La mort de saint Joseph fut peint en 1810 par William Von Moll Berczy (1744-1813), à la demande du curé Pierre Vézina. Il figure aux comptes de 1811 . Le tableau a été restauré en 1991 par le Musée des Beaux-Arts d'Ottawa et a été exposé en 1991 et 1992 à Ottawa, Québec et Calgary. Son encadrement, commandé en 1813, est l'œuvre du sculpteur trifluvien François Normand (1779-1854).

La lampe du sanctuaire est en cuivre argenté. Oeuvre non signée, elle a été acquise en 1854; c'est une production commerciale.

Le tombeau d'un autel latéral, commandé en 1826, sert actuellement d'autel de la célébration, cette œuvre est attribuée au sculpteur François Normand (1779-1854) qui réalisa le maître-autel conservé aujourd'hui au Musée de Joliette. Le retable a été démantelé et ses diverses composantes conservées: la porte du tabernacle, qui avait été vendue à un collectionneur, a pu être récupérée pour fins d'exposition: les autres motifs sculptés sont fixés à l'arrière de l'autel de la célébration, les colonnes servent de base aux fonts baptismaux et une dernière colonne est placée au centre du tronc aux aumônes, construit dans les années 1960. Après la construction du couvent, cet autel latéral avait été placé dans la chapelle. Pour se soumettre aux nouvelles règles adoptées par le Concile Vatican II, c'est le curé Rainville (1960-1976) qui le fit transformer en 1965 pour en faire l'autel de la célébration .

Le grand chandelier pascal de bois sculpté, peint et doré, est l'œuvre du sculpteur trifluvien François Normand (1779-1854). Il a été commandé en 1813, en même temps que l'encadrement du tableau représentant La mort de saint Joseph .

Une garniture d'autel de bronze argenté, comprenant six chandeliers et un crucifix, a été acquise en 1854 à la demande de l'évêque. Cet ensemble a malheureusement été recouvert de chrome dans les années 1960, à l'époque du curé Rainville. Quatre de ces chandeliers se trouvent actuellement dans le chœur de chaque côté de l'autel de la célébration et les deux autres ont été remisés à la sacristie. Quant au grand crucifix sur pied, privé des éléments décoratifs qui ornaient les extrémités de la croix, il a été déposé près des fonts baptismaux.

La statue de la Vierge à l'Enfant a été acquise en 1856 par les membres de l'Archiconfrérie du Saint-Coeur-de-Marie. À l'origine, cette statue dorée en composition surmontait l'un des deux autels latéraux de la troisième église. Elle se trouve aujourd'hui au-dessus du maître-autel de l'église actuelle. Selon les restaurateurs du Centre de conservation du Québec, cette statue de qualitée proviendrait de France.